بدء عواصف الاضطهاد والتخريب في الكنيسة:
إذ مات الخليفة المهدي، وتولى بعده "الهادي"، عيَّن والياً جديداً على مصر. ولم يكد الوالي الجديد يتسلَّم مقاليد الحُكْم حتى أمر بهدم عدد كبير من الكنائس في القاهرة القديمة (الفسطاط). وتوجَّه البابا يوحنا حالاً إلى القاهرة لكي يرى ما يحدث. فلما دخل إحدى الكنائس ليُصلِّي بها وجدها بغير سقف، فتنهَّد وصلَّى إلى الله لكي يكمل بناء كافة الكنائس المتهدمة. غير أن الرب أبقى هذا العمل الجليل لخليفته "مرقس".
فلما أكمل الخدمة الليتورجية في هذا اليوم، شعر بضعف أصابه حيث لحقه ألم في رأسه. فطلب من الأساقفة أن يمضوا به إلى الإسكندرية ليموت في مقر كرسيه. فحملوه في مركب، وكان معه ميخائيل أسقف القاهرة، وجرجس أسقف ممفيس. فلما وصل إلى الإسكندرية ثقل عليه المرض، ولحق بآبائه، بعد أن أوصى بالراهب مرقس، الذي كان قد هرب قبل ذلك من الدير إبان رسامته أسقفاً واختبأ بعيداً عن الأنظار. وفي يوم السادس عشر من طوبة عام 790م، تنيَّح في نفس يوم سيامته بطريركاً. وأقام على الكرسي 22 سنة بالتمام والكمال.
بركة صلوات الأبوين الجليلين مينا الأول ويوحنا الرابع تكون معنا ومع كنيسة الإسكندرية المقدسة، ويشيع فيها السلام والمودة بين جميع آهليها. آمين.
يتبع