على الرغم من فوائد بذور البابايا الصحية المرتبطة باستخدامها إلا أنه من المهم أن تعرف أن هناك بعض الآثار الجانبية المرتبطة بها، وأهمها التأثير على خصوبة الرجال، حيث وجدت بعض الدراسات العلمية أن تناول بذور البابايا بكميات مرتفعة من شأنه أن يؤثر على الخصوبة بشكل سلبي.
حيث وجد أن الإفراط في تناول بذور البابايا من شأنه أن يسبب الإصابة بمشكلة تسمى فقد النطاف (Azoospermia)، والتي تشمل انخفاض عدد الحيوانات المنوية لدى الرجال.