لم يبق أبونا مينا في هذا المكان الذي تقدس بالصلوات المرفوعة والذبيحة الإلهية المقدمة يومياً طويلا إذ أنه
أثناء الحرب العالمية الثانية في 28 أكتوبر سنة 1941م ظنه الإنجليز المحتلون جاسوساً ، فخشوا منه وطلبوا إليه مغادرة المكان وكانت فى نفسه رغبه فى تعمير دير مار مينا فى مريوط وأستأذن البابا على أن حرب العالمين والجيوش الإنجليزية المتحاربة مع الألمانية فى إيطاليا جعلت تنفيذ رغبته صعبه ولكن تحقيقاً لرغبة أبونا مينا المتوحد كلف الأنبا يؤانس الأستاذ حبيب المصرى بأن يكتب له خطاب توصية الذى طلب فيه السماح للراغب فى التوحد بالإقامة بين خرائب دير البطل الشهيد مار مينا ولكن القائد البريطانى رفض الطلب - فخرج متوجها إلى بابليون الدرج وأقام في فرن بكنيسة السيدة العذراء وكان يتنقل منها إلى دير الملاك القبلى - عاش في العالم وهو ليس من العالم، تعلق بالسماويات وزهد في الارضيات، عرف معنى الغربة التي قالها مخلصنا، فلم يعز عليه مكان مهما تعب فيه، وعمل بيديه وسهر. لأنه كان يحس تماما أن ليس له ههنا مدينة باقية وإنما يطلب العتيدة إلى أن بدأ بتشييد كنيسة ودير مار مينا