في أيام البابا كيرلس السادس استعادت الكنيسة القبطية جسد مار مرقس الرسول في عام 1968م، في صباح يوم الأربعاء 26 يونيو 1968 احتفل بإقامة الصلاة على مذبح الكاتدرائية المرقسية، وفي نهاية القداس حمل البابا كيرلس السادس رفات القديس مارمرقس إلى حيث أودع في مزاره الحالى تحت الهيكل الكبير في شرقية الكاتدرائية.
وتوفي قداسة البابا كيرلس السادس في يوم 9 مارس 1971م بعد أن أكمل خدمته، ودفن تحت مذبح الكاتدرائية التي أنشأها، وبعد ذلك نقل جسده في احتفال مهيب إلي دير الشهيد مارمينا بمريوط حسب وصيته ليكون بجوار شفيعه مارمينا.