وصف لأول مرة النسر من قبل لينيوس في كتابه Systema Naturae في 1758 باسم Vultur harpyja ، و قد عرف ايضا باسم الوحش الأسطوري ، و متواجد في ثلاثة فصائلHarpiinae داخل عائلة Accipitridae الكبيرة ، و كان يعتقد سابقا أنه مرتبط ارتباطا وثيقا ، وقد تبين من تحليل الحمض النووي أن النسر الفلبيني ينتمي إلى مكان آخر في الأسرة الجارحة.