فى سنة 450م توفى الامبراطور ثيؤدوسيوس الثانى ، وورثت عنه العرش أخته بولخاريا مع مركيانوس (مرقيانوس) ، الذى تزوجته وصار هو الامبراطور (450 ـ 457م) ، وبناء على دعوة من الامبراطور انعقد مجمع خلقيدونيه في سنة 451م ، وكان سبباً فى حدوث انشقاق كبير بالكنيسة الجامعة، ورفضت الكنيسة القبطية (ومعها الكنيسة السريانية والكنيسة الأرمنية وبقية الكنائس الأرثوذكسية الشرقية) القرارات والتعاليم التى تبناها مجمع خلقيدونيه، ورفضت كذلك طومس (رسالة) لاون المؤرخة فى 13 يونيه 449م، وانتهى المجمع إلى عزل ونفى البابا ديسقورس إلى جزيرة غاغرا فى بافلاجونيا (على ساحل آسيا الصغرى : تركيا حالياً)، وظل البابا ديسقورس فى منفاه لمدة خمس سنوات حتى تنيح 454م (تذكار نياحته بالسنكسار 7 توت) .
واستمر الاضطهاد الخلقيدونى للكنيسة القبطية حوالى 190 سنة من مجمع خلقيدونيه 451 إلى دخول العرب مصر 641م