كان سافونارولا له أعداء، فقام الذين اخبروا من إصلاحه وأشار عليه الجهال من الشعب فأنكروا خدمته لبلادهم، وتكريس نفسه للخير العام، وتآمروا على إسقاطه وقد سنحت لهم الفرصة عاجلًا، فإن سافونارولا لم يقنع بإصلاح المدينة، "بل كان يحلم بإصلاح البابوية، فراح يشهر بالبابا الكسندر، ويطلع الناس على عيوبه ويدعو الملوك المسيحيين إلي عقد مؤتمر عام للبحث في القضية ولكن قوة العالم صدمته وبطشت به فحرمه البابا الكسندر وساعد أعداءه فقبضوا عليه وعذبوه وأهانوه واحرقوا كتبه ومؤلفاته، ثم علقوه في الميدان الكبير بمدينة فلورنسا من رحيله وأحرقوا جسده بالنار.