بالإضافة إلى وجود أثار جانبية طفيفة قد تظهر بسبب تناول خيار البحر ، فإن الخطر الأكبر من تناول خيار البحر هو الأثر البيئي السلبي لصيد خيار البحر ، حيث أن زيادة الطلب العالمي عليه أدى لتناقص أعداده في البحار والمحيطات بشكل كبير وهذا بدوره يهدد النظام البيئي للشعاب المرجانية في المحيطات ، ولحل تلك المشكلة لجأت بعض الدول لاستزراع خيار البحر في المزارع السمكية .