تم بناء مسجد سكينة خانم في عام 1854م على يد أرملة باكايخانوف العالم والكاتب الأذربيجاني المشهور لإحياء ذكرى زوجها الراحل، وهو أحد أهم أماكن السياحة في قوبا المُدهشة بصورته الأثرية، وقد اُستخدم الطوب الأحمر في بناء المبنى، ويختلف شكله عن الشكل المُعتاد لمساجد قوبا الاسطوانية مُتعددة الأوجه، حيث يبدو المسجد كالبيت المُربّع، ويتضمن كل جانب منه نافذة على شكل قوس نصف دائري.