حب ثيئودوریت وإخلاصه لنسطور قاده لأن يعتبر أن ما يعنيه نسطور هو بذاته ما يعنيه هو نفسه. في عظة له في كنيسة مار بولس في أنطاكية بحضور دومنوس الأنطاكي قال : “لقد جس توما الرسول الذي قام، ساجداً للذي أقامه”. وفي عظة أخرى له في كنيسة أنطاكية بحضور دومنوس أيضا قال: “إن الله اتخذ إنسانا ولئن أبی بعضهم.
أثارت آراء ثيئودوريت الكريستولوجية كثيراً من الجدل. ويجمع كثير من الدارسين على أنه تبنى آراء نسطور حتى 435-436م، ومن المحتمل حتی مجمع خلقيدونية. وتخلى عن تلك الأفكار على الأقل بعد 451م.
في مجمع خلقيدونية في عام 451م، قوبل في البداية بمعارضة شديدة. ثم نوقشت قضيته في جلسة خاصة وأصر الآباء المجتمعون على أن ينطق بالحرمان ضد نسطور. فاضطر أخيرا وعلى مضض أن ينصاع لأمرهم وأعلن: “محروم نسطور وكل من لا يعترف أن العذراء القديسة مريم هي والدة الإله، وكل من يقسم الابن الوحيد، المولود الوحيد إلى اثنين.”. وبناء على ذلك فقد أعيد رسميا إلى كرسيه الأسقفي.