يحتوي الكمون على مواد كيميائية ذات خواص مضادة للبكتيريا والفطريات والميكروبات (بالإنجليزية: Antimicrobial). وأثبتت بعض الدراسات أن شاي الكمون المغلي قد يخفف من أعراض الالتهاب الرئوي (بالإنجليزية: Pneumonia) نتيجة احتواءه على الزيوت العطرية ذات الخواص المقشعة للبلغم والموعة للقصبات الهوائية، بالإضافة إلى احتواءه على مضادات الميكروبات.
أثبتت الدراسات أن بذور الكمون تحمي من تسمم الطعام، والعدوى المنقولة من الطعام الناتج عن وجود بكتيريا أو أنواع معينة من الفطريات، لما لها من خصائص مضادة للميكروبات، فعند هضم الكمون في المعدة، يطلق مادة تسمى ميجالوميسين (بالإنجليزية: Megalomicin)، والتي تعد مضادة للبكتيريا، والتي تمنع تكاثر البكتيريا في المعدة والأمعاء.