قد يعاني الكثيرين من مشكلات الجهاز الهضمي ويعتمد البعض ممن يعانون من صعوبات في الجهاز الهضمي على اللبن كعلاج طبيعي ذو فاعلية كبيرة، إذ أنه يحتوي على البروبيوتيك الذي يدعم عمل الجهاز الهضمي.
إذ تعمل السلالات البكتيرية على منع وعلاج مشكلات عدة، مثل: الإسهال، ومرض كرون، وعسر الهضم، ومتلازمة القولون العصبي، كما أن تناول اللبن يضمن انتظام حركة الأمعاء، وتحسين امتصاص الفيتامينات والمعادن.