يعد استخدام الحلبة بكميات بسيطة عن طريق الفم وفي الطهي آمنًا لأغلب الأشخاص، واستخدامها للحصول على فوائد الحلبة وللأغراض الطبية لمدة تصل إلى 6 شهور يعد كذلك آمنًا.
إلا أنه قد تحدث بعض الأعراض الجانبية عند تناول جرعات كبيرة من الحلبة بحسب ما بينته بعض الدراسات، وتشمل هذه الأعراض:
سوء في الهضم.
الإسهال.
النفخة والغازات.
رائحة غير محببة للعرق والبول.
حساسية تسبب احتقان الأنف والسعال وتورم في الوجه.
هبوط مستويات السكر في الدم عند تنال كميات كبيرة منها.