يبدو أن ببغاء الكاكابو يواجه أيضا تهديدات جديدة في كل منعطف، والأحدث هو عدوى الجهاز التنفسي التي تسمى داء الرشاشيات والتي تسببها الفطريات المحمولة جوا، وإنها نفس الفطريات التي تصيب البشر، وفقدت تسعة من الطيور بسبب المرض في عام 2019، لكن يعتقد الباحثون أن السبب في ذلك هو تحميل الجراثيم الكبيرة في أعشاشه على الجزيرة، وتؤدي زيادة إجهاد الأعشاش إلى انخفاض المناعة، وهي مشكلة يعالجها الباحثون لتقليل عدد الحالات المستقبلية.