يعتبر تاريخ مدينة سمرقند قديم ومليء بالأحداث، حيث غزاها الزعيم المسلم قتيبة بن مسلم الباهلي في فترتين عام 87 هـ و 92 هـ، من أجل تعليم أهل هذه المدينة تعاليم الدين الإسلامي وكذلك أداء الصلاة، وتم تحويل معابد هذه المدينة إلى مساجد، وعندما بدأ الغزو المغولي لهذه المدينة، دمر المغول المساجد والمباني الإسلامية، واعتنقوا الإسلام، كما رمموا وشيدوا العديد من المباني الإسلامية في عصر أطلق عليه العصر التيموري والذي استمر قرابة 150 عامًا.
كان أحد الإجراءات التي اتخذها تيمور لانكا هو جعل سمرقند عاصمة لبلاده وجلب الحرفيين المهرة والصناعة للعمل على بنائها الجميل والفني، وبالتالي فقد اعتبر عصر تيمور عصرًا من البناء والتحضر، ثم في القرن التاسع عشر الميلادي احتل الروس عدة مناطق من بيفر وكانت هذه المدينة من بينها، وخلال الثورة الشيوعية احتلها الثوار ووسعوا سيطرتهم عليها حتى سقوط الشيوعية عام 1992 ونالت استقلالها بعد انهيار الاتحاد السوفيتي