بحلول الانتخابات العامة عام 1999، تقاعد مانديلا من السياسة النشطة واستمر في الحفاظ على جدول أعمال مزدحم فقد جمع الأموال لبناء مدارس وعيادات في المناطق الريفية في جنوب إفريقيا من خلال مؤسسته، وعمل كوسيط في الحرب الأهلية في بوروندي، وتم تشخيص مانديلا بمرض سرطان البروستاتا في عام 2001، وفي يونيو 2004، في سن 85، أعلن تقاعده الرسمي من الحياة العامة وعاد إلى قريته الأصلية.