من ضم السلبيات أو التداعيات السلبية التي حدثت لبعض الدول جراء انضمامها لاتفاقية الشنغن ، ما يلي :
هجرة البعض من المجر والنمسا إلى ألمانيا جعل الأخيرة تفرض رقابتها على الحدود ، مع هذه الدول للتقليص من أعداد المهاجرين إليها .
التسبب في الدخول غير الشرعي لدول الاتحاد الأوروبي من خلال دول المجر ، وبالتالي فقد اتجهت دولة المجر لفرض سياج على الحدود الواقعة ، بينها وبين دولة صربيا التي يأتي المهاجرون عبرها حتى المجر ، ومنها لباقي دول الشنغن .
اتجهت دولة النمسا لتقييد الانتقال إليها من خلال دولة المجر ، وذلك عبر مراقبة طرق السكك الحديد بين البلدين .
مؤخرا قامت دولة المجر ببناء سور عازل على الحدود مع سلوفينيا ، وكرواتيا أيضاَ لمنع تسلل المهاجرين بشكل شرعي وتدفقهم إليها