كما تستخدم كعلاج وتدخل في عمليات البحث العلمي، ومثال على ذلك، تعمل بعض سموم خيار البحر على إبطاء معدل نمو الخلايا السرطانية، لذلك هناك اهتمام باستخدامها في أبحاث السرطان.
وقنافذ البحر هي أيضًا كائنات نموذجية مستخدمة في أبحاث علم الأحياء التنموي، كما يتم استخدامها لدراسة آليات الإخصاب وتنشيط البويضة، والعمليات الفسيولوجية التي تحدث أثناء التطور المبكر، وتنظيم التمايز في الجنين المبكر، بالإضافة إلى ذلك، تمت دراسة الأساس الجزيئي للتطور المبكر في قنافذ البحر، يمكن الحصول على الجاميطات بسهولة، والعقم غير مطلوب، كما يدخل البيض والأجنة المبكرة في الكثير من الاستخدامات وتكون شفافة بشكل جميل، علاوة على ذلك، فإن التطور المبكر لأجنة قنفذ البحر هو عملية محفوظة للغاية، عندما يتم إخصاب مجموعة من البويضات، تتطور جميع الأجنة الناتجة عادةً في نفس الوقت، هذا يجعل الدراسات البيوكيميائية والجزيئية للأجنة المبكرة ممكنة في قنفذ البحر، وقد أدى إلى عدد من الاكتشافات الرئيسية.