لم تكن البحيرات وهي أجسام كبيرة من المياه الهادئة الفاترة المحصورة خلف الشعاب المرجانية أكثر شيوعا بالضرورة في حقبة الدهر الوسيط مما هي عليه اليوم، ولكنها تميل إلى أن تكون ممثلة بشكل مفرط في السجل الأحفوري (لأن الكائنات الميتة التي تغرق في قاع البحيرات بسهولة في الطمي) كانت أشهر بحيرات ما قبل التاريخ موجودة في أوروبا، وعلى سبيل المثال، أنتج في ألمانيا العديد من عينات الديناصورات أركيوبتركس وكومبسوجناسوس والتيروصورات المتنوعة.