تتنفس السلاحف الهواء من خلال الفتحات الخارجية الموجودة فوق أفواهها ينتقل الهواء عبر glottis وإلى القصبة الهوائية ، المكونة من سلسلة من حلقات الغضاريف ، القصبة الهوائية للسلاحف ممدودة ومرنة ، مما يسمح للسلحفاة بتحريك رأسها داخل وخارج قوقعته ، تنقسم القصبة الهوائية بالقرب من القلب إلى شقين يوصلان الهواء إلى الرئتين ، حيث يتم امتصاصهما في الجسم.
نظرًا لعدم قدرة غطاء السلاحف على التمدد والتقلص كما تفعل أضلاع الشخص ، فإن السلاحف لها عضلات داخل أصدافها تتوسع وتتقلص لتحريك الهواء داخل وخارج الرئتين يساعد تحريك أطرافهم أيضًا في التنفس عن طريق تغيير الضغط في الرئتين.