تتبع العلماء أصل فيروس نقص المناعة البشرية في شمبانزي والذي كان لديه فيروس يشبه فيروس نقص المناعة البشرية وهذا الفيروس كان يهاجم الجهاز المناعي للقردة، وفي عام 1999 حدد الباحثون سلالة من الشمبانزي وهي التي حملت هذا الفيروس من الأساس، حيث من المرجح أن البشر الصيادون في أفريقيا قد أكلوا الشمبانزي المصاب أو تلطخ دم الشمبانزي المصاب في جروح الصيادين، ويعتقد الباحثون أن أول انتقال لمرض نقص المناعة المكتسب إلى فيروس نقص المناعة البشرية لدى البشر أدى إلى حدوث وباء عالمي في عام 1920 في كينشاسا، وهي العاصمة وأكبر مدينة في جمهورية الكونغو الديمقراطية، وقد انتشر الفيروس من كينشاسا عبر طرق البنية التحتية (الطرق والسكك الحديدية والأنهار) عبر المهاجرين وتجارة الجنس.
وفي الستينيات، انتشر فيروس نقص المناعة البشرية من إفريقيا إلى هايتي ومنطقة البحر الكاريبي عندما عاد المهنيون الهايتيين في جمهورية الكونغو الديمقراطية الإستعمارية إلى ديارهم ثم انتقل الفيروس من منطقة البحر الكاريبي إلى مدينة نيويورك حوالي عام 1970 ثم إلى سان فرانسيسكو في وقت لاحق من العقد وساعد السفر الدولي من الولايات المتحدة الفيروس على الانتشار في جميع أنحاء العالم.