في عام 1825 أصبح تشارلز طالبًا في مدرسة الطب بجامعة إدنبرة في عام 1825 كما فعل والده قبل 42 عامًا، وعلى عكس والده لم يستمتع تشارلز بكلية الطب ووجد أن تشريح الجثث البشرية مزعج وأصاب بالفزع عندما كان حاضراً أثناء العمليات الجراحية وأصبح حضور المحاضرات مملة للغاية.
وفي عامه الثاني في أدنبرة أصبح تشارلز مهتمًا بعلم الحيوان وقام بجمع وتشريح المخلوقات البحرية كما حضر محاضرات الجيولوجيا لكنه وجدها مملة أيضا بشكل لا يصدق، وقرر والده الغاضب وقف دراسات تشارلز الطبية وسحب ابنه من إدنبرة وأرسله إلى جامعة كامبريدج لكي يصبح ابنه الراكد رجل دين في كنيسة إنجلترا.