لم يكن هناك سوى فاصل زمني قصير بين التسمية الرسمية لطائر الدودو وإختفائه ولكن نشأ الكثير من الإلتباس خلال تلك السنوات الـ 64، وبعد إكتشافه بفترة قصيرة، أطلق قبطان هولندي اسم الدودو على الطائر الذي كان يسمى الطائر الجائر، وقد أشار إليه بعض البحارة البرتغاليين باسم البطريق (الذي ربما كان لديه أجنحة صغيرة)، وليس علماء الفلك الحديثون على يقين من اشتقاق أسماء لطائر الدودو، فمن المحتمل أن يشمل المرشحون الكلمة الهولندية دودور والتي تعني الكسلان، أو الكلمة البرتغالية دودو والتي تعني مجنون.