في عام 1818، تزوج شامبليون من روسين بلان، ونعم الزوجان بحياة هنيئة مع ابنة لهم، وكان شامبليون يعيش في علاقة حب مع الشاعرة الإيطالية أنجيليكا بالي، حتى أنها كتبت قصيدة له، وعلى الرغم من تبادل الاثنان الكثير من الرسائل، إلا أن العلاقة لم تذهب أبعد من ذلك، ومنذ أيام مبكرة، عانى شامبليون من مرض النقرس لفترات طويلة وتدهورت حالته خلال سنوات وجوده في باريس، حيث ساهمت ظروف المعيشية الغير صحية والمناخ الرطب في تدهور حالته الصحية.
في عام 1832، تنفس أنفاسه الأخيرة بسبب قصور في قلبه في باريس، ومات شامبليون ودفن في مقبرة بير لاشيه، ونشرت آخر أعماله، وهو النحو والقواعد المصرية العظيمة، بعد وفاة أخاه، وعلى مر السنين، كانت حياته موضوعًا لمختلف الأفلام الوثائقية، وهناك شارع في القاهرة يحمل اسمه.