رابعًا: متاعب في طريق البطريركية
المشكلة الأولى: كتابات يوليانوس الجاحد
* لقد نما إلى علم البابا كيرلس الأول أن يوليانوس الفيلسوف والملك الجاحد كان قد وضع عشرة كتب ضد الديانة المسيحية متضمنة بين سطورها التشكيك والطعن في ألوهية السيد المسيح له المجد وأقواله وتعاليمه ومعجزاته الإلهية وكانت هذه الكتب العشرة بمثابة فخر للشباب الوثني.
* فقام البابا كيرلس الأول بالرد على أقوال واليوليانوس وأخذ يفندها واحدة تلو الأخرى حتى تحقق له القضاء عليها قضاءًا مبرمًا. ولبى الإمبراطور نداء البابا الإسكندري وجمع كل كتب يوليانوس وأبادها جميعًا.
المشكلة الثانية: اتباع نوفاسيوس الهرطوقى:
* قاوم البابا كيرلس الأول النوفاسيين اتباع نوفاسيوس قس كنيسة روما الهرطوقي الذي كان يرفض توبة من جحد الإيمان أثناء الاضطهادات ويأبى أن يحل الناس من خطاياهم.
* فبعدما أوضح لهم فساد معتقدهم ولم يرجعوا عنه فاضطر البابا أخيرًا بطردهم من الإسكندرية بعد أن كانوا قد نموا عظيمًا في عهده ورسموا لهم أسقفًا لرعايتهم يدعى ثيموتمبوس فهربوا جميعًا مع أسقفهم تاركين الإسكندرية وبهذا تمكن البابا من الخلاص منهم وقطع دابرهم.