إن الكنيسة القبطية مبنية على تعاليم القديس مارمرقس، الذي بشَّر بالمسيحية في مصر، خلال فترة حكم الحاكم الروماني "نيرون"
في القرن الأول، بعد حوالي عشرون عاماً من صعود السيد المسيح. ومارمرقس
هوأحد الإنجيليين وكتب أول إنجيل. وإنتشرت المسيحية في كل أنحاء مصر خلال
نصف قرن من وصول مار مرقس إلى الإسكندرية (كما هو واضح من نصوص العهد الجديد التي إكتُشِفَت في البهنسا، بمصر الوسطى، وتؤرَّخ بحوالي 200م.، وجزء بسيط من إنجيل القديس يوحنا، مكتوب باللغة القبطية؛ الذي وُجِدَ في صعيد مصر ويُؤرََّخ في النصف الأول من القرن الثاني). إن الكنيسة القبطية –وهي عمرها الآن أكثر من تسعة عشر قرناً من الزمان- كانت موضوع العديد من النبوءات في العهد القديم. ويقول إشعياء النبي في إصحاح 19، الآية 19: "وفي ذلك اليوم، يكون مذبح للرب في وسط أرض مصر، وعمود للرب عند تخمها."
في سنة 200 كانت الاسكندرية من أهم المراكز المسيحية . كان كليمينت هو من المدافعين عن المسيحية في الاسكندرية و اوريجانوس الذان عاشا حياتهما في هذه المدينة ، حيث هناك كتبوا وعلموا وناقشوا.
مع مرسوم ميلان سنة 312 ، قام قسطنطين بأنهاء اضطهاد المسيحيين ، وفي سنة 324 ، جعل قسطنطين الديانة المسيحية هي ديانة الامبراطورية الرومانية.
في القرن الرابع ، خسرت الوثنية اتباعها حسب ما قال الشاعر بلاديس "
Palladius " ، وضلت مطمورة لعقود من الزمن. المرسوم الاخير ضد الوثنية كان
سنة 390. الكثير من اليهود المصريين اصبحوا مسيحيين ، لكن البعض لم يقم بذلك فضلوا الاقلية في بلد مسيحي.
وبقيادة القديس اثناسيوس الرسولي الذي اصبح رئيس الاساقفة للاسكندرية سنة 326 بعدما رفض مَجمَع نيقية اراء اريوس ظل يناضل من اجل الايمان القويم وصراع الاريوسيين سبب الدمار والشغب على امتداد القرن الرابع. وقد تم استبعاد البابا القديس اثناسيوس الرسولي عن الاسكندرية حوالي خمس مرات.
وقد ازدهرت ارض مصر بالرهبنة بشكل عظيم حيث ان أول من اسس الرهبنة هو اب اباء الرهبان الأنبا انطونيوس
الذي تتلمذ على يديه الكثير من القديسين المصريين والغير مصريين.
وفكرةالرهبنة رفض الحياة المادية وممارسة حياة الفقر والتكريس للكنيسة. لقد
استقبل المسيحيين المصريين فكرة التصومع بحماس شديد وقد نقل المصريون
التصومع إلى بقية المسيحية في العالم. ومن الامور التي تطورت ايضاً هو
مبدأ "الاقباط" . قد تم تبني اللغة القبطية من المسيحيين الاولين لنشر الانجيل في المصريين الاصليين واصبحت لغة الليتورجيا لدى الديانة المسيحية في مصر وبقيت حتى يومنا هذا.
