يمكن أن يسبب شرب عصير الثوم الزائد آثارا جانبية مختلفة مثل:
* النزيف: يمكن أن تؤدي الطبيعة المضادة للتخثر للمكونات النشطة للثوم إلى تفاقم اضطرابات النزيف ويجب تجنبها قبل الجراحة أو بعدها، وتجنب أيضا تناوله مع الأدوية الأخرى المضادة للتخثر.
* مشاكل في المعدة: تجنب تناول عصير الثوم على معدة فارغة لأن جرعته المركزة يمكن أن تهيج المعدة وتسبب الإسهال والغازات الزائدة وفقدان الوزن والغثيان والتشنج وكذلك الدوخة أو الصداع.
* الحساسية: قد يعاني بعض الأشخاص من حساسية موضعية وداخلية ولذلك يجب تجنب إستخدام عصير الثوم.