بعض الأضرار المحتملة قد يتعرّض لها من يعتمدون على هذه الحمية لفترة طويلة من الزمن. من هذه الأضرار ارتفاع نسبة الدهون والكوليسترول في الدم، تكوّن حصى الكلى، نقص حاد في الفيتامينات الذائبة في الماء مثل فيتامين B وفيتامين C. وفي بعض الظروف الحادة، قد تؤدي الحمية إلى زيادة حموضة الدم، ما قد يؤثر على وظائف المخ والقلب.
ويُؤكد خبراء التغذية أن حمية الكيتو ستكون فعّالة ولن يُصاب الجسم بضرر بالغ إن اعتمدها الشخص لمدة أقصاها خمس سنوات، مع ضررورة تناول بعض المكمّلات الغذائية والفيتامينات التي تخلو منها الأغذية في نظام الكيتو. كما أنها فعّالة لمن يرغب في إنقاص وزنه في فترة قصيرة لضرورة ما.