من دير القديس مقاريوس الكبير ببرية شيهيت، اتفق الأساقفة والأراخنة على اختيار الراهب "مرقس المقاري" الذي من بلدة البياض ببني سويف، وتمت مراسيم سيامته في كنيسة القديس مرقوريوس (أبى سيفين) بنفس اسم كاروز الديار المصرية في 26 بؤونة 1327ش 1603 م. ليكون الثامن والتسعين من باباوات الإسكندرية، وذلك في أيام السلطان محمد الثالث. بدأ البابا الجديد أيام خدمته على الأرض بافتقاد شعبه في كل مكان حتى إلى القدس ليقوى عزائمهم ويثبت إيمانهم مستخدمًا ما وهبه الله من سعة العلم والتضلع في الشرائع. متاعب للبابا من داخل الكنيسة:
ومن العجب أن تأتى المتاعب للبابا الجديد من داخل الكنيسة، إذ اتجه الموسرون من القبط إلى الزواج بأكثر من واحدة، ولما وبخهم البابا وحرمهم للتعدي على الشرائع المسيحية غضبوا وأوعزوا للوالي العثماني بالقبض عليه وسجنه وفعلًا تم القبض على البابا وسجنه.
والمرجح أن أسقف دمياط انضم إلى هؤلاء المارقين ظنًا منه أنه يستطيع أن يحل محل البابا، ولكن وقف القبط وقفة رجل واحد حتى أفرج الوالي عن باباهم، وانعقد مجمع مقدس حرم من تزوج بأكثر من واحدة، وحرم الأسقف الذي انحاز مع الهوى. وليس غريبًا أن الوالي ينقلب على هؤلاء المنحرفين ويطردهم من مناصبهم فيتشتتون في كل صوب بعد مصادرة أموالهم وأملاكهم. متاعب من الأتراك:
تجلت وطنية الأقباط في عدم اشتراكهم في الثورات التي قامت من طنطا إلى القاهرة ضد الحكم التركي، ومع هذا عندما أخمدها الترك لم يفرقوا بين غادر وعابر. متاعب من روما:
نجح البابا الروماني في استمالة ملك أثيوبيا واعتبر من ليس معه فهو عليه، فأغلق كنائس القبط وحتم إعادة معمودية الأقباط وإعادة تكريس الكنائس التي استولى عليها فثار الشعب بمساندة المطران القبطي، وقامت حرب أهليه استمرت ما يزيد على ست سنوات راح ضحيتها الكثير من الأثيوبيين. ولم تفلح المناورات الرومانية في الاستمرار في أثيوبيا، كما لم تفلح الضيقة العثمانية التي أحكمها الولاة على أقباط مصر، ووسط الدفاع الإلهي عن كنيسة الآباء والأجداد انتقل البابا مرقس سنة 1619 م. في أيام السلطان عثمان وولاية مصطفى باشا على مصر، وتمت المراسيم الجنائزية على جسده الطاهر في كنيسة العذراء بحارة زويلة - المقر البابوي آنذاك - ثم نقل بعدها جسده إلى ديره ببرية شيهيت.