مع البابا تيموثاوس الثالث (البابا 32)
في السنة التي سيم فيها البابا تيمموثاوس (519م) مات انستاسيوس وتولى يوستنيان الإمبراطورية وكان يميل إلى الخلقيدونية، غير أن زوجته التقية ثيودورا كان لها دورها في تهدئته أحيانًا... لذا اتسمت مدة حكمه بفترات من التعب وأحيانا من الراحة.
دخل يوستنيان الكنيسة مع الأسقف يوحنا الكبادوكي، فقام بعض الخلقيدونيين بالهتاف ضد القديس سويرس الأنطاكي مطالبين بمحاكمته، بينما هتف آخرون بحياته كرد فعل للهتاف الأول، عندئذ قرر الإمبراطور عقد مجمع للفصل في الأمر. وإذ عرف بابا الإسكندرية نية الإمبراطور لم يذهب إلى المجمع، فأمر الإمبراطور بالقبض عليه ونفيه. اقتحمت جماهير الجند الكنيسة بينما تجمهر الشعب حول باباهم، وانتهى الأمر إلى معركة طرفيها جند مسلحون وشعب أعزل. فكان الجند يفتكون بالشعب، وأخيرا ألقوا القبض على البابا واقتيد إلى المنفى، وفرض الإمبراطور بطريركا دخيلا يدعى ابوليناريوس.
أما القديس ساويرس فحضر المجمع وحكم عليه بالتجريد والحرمان، وكان الإمبراطور قد صمم أن يقطع لسانه لولا تدخل تيؤدورا... واكتفى الإمبراطور بطرده من إيبارشيته، فلجأ إلى مصر... في هذا المجمع لقب بطريرك القسطنطينية بـ"المسكونى"، الأمر الذي سبب نزاعا بين روما والقسطنطينية على الألقاب.
عاد البابا من منفاه لكنه صار مطاردًا من بلد إلى أخرى، ومن دير إلى دير مع القديس سويرس الأنطاكى...