يقوم الأطباء بتشخيص اضطراب الهوية التفارقي بناءً على القصة المَرَضية وأعراض المريض، فالمرضى لديهم شخصيتان أو أكثر، وعطب في إحساسهم بذواتهم ومقدرتهم على التحكم بأنفسهم، ولديهم ثقوب في الذاكرة عن المواقف اليومية، والمعلومات الشخصية الأساسية، واللحظات المؤلمة أو المكربة؛ وهي أمور يجب ألا ينسوها عادةً، والمرضى يشعرون بالحزن الشديد بسبب أعراضهم، أو تجعلهم هذه الأعراض عاجزين عن حسن التصرف في الحياة الاجتماعية أو الحياة المهنية.
يقوم الطبيب المختص بالقيام بالمقابلة النفسية الكاملة، ويستخدم أسئلةً خاصة وُضِعَت للمساهمة في تشخيص اضطراب الهوية التفارقي ونفي أمراض الصحة النفسية الأخرى، وقد توجد حاجة للقيام بفحوصات طبية، للتأكد ما إذا كان المريض لديه مرض عضوي من شأنه أن يسبب هذه الأعراض.