يعلل بعض المؤرخين ذلك إلى عدم راحة كنيسة الإسكندرية لقرار مجمع القسطنطينية أن يكون كرسي القسطنطينية الجديد الثاني بعد روما وقبل الإسكندرية. لأن القسطنطينية قد صارت روما الثانية، حيث أصبحت عاصمة الدولة الرومانية الشرقية. لقد رفض أساقفة الإسكندرية هذا القرار، إذ حول الكنيسة إلى مركز كرامات تتدخل فيها السياسة. فإن الإسكندرية وهي مستعمرة رومانية تخضع لمدينة روما مدنيًا، لكنها بعمالقتها الدارسين اللاهوتيين وجبابرتها الروحيين خاصة الرهبان والنساك، احتلت مركز الصدارة في العالم المسيحي، فجاء هذا القرار مثيرًا لا للإسكندرية وحدها، إنما خلق مشاكل كثيرة مع أساقفة وبطاركة الشرق. على أي الأحوال، ربما خشي البابا ثاوفيلس من شخصية الأب يوحنا أنه يطالب بتنفيذ القرار، فرشح صديقه الذي امتاز بطيبة القلب والبساطة ولا يهتم بمثل هذه الأمور، هذا بجانب أنه سكندري وصديق للبابا السكندري. لكن أتروبيوس -الحاكم الفعلي- ضغط على البابا ليوافق على رسامة الأب يوحنا، وإلاَّ قدم للإمبراطور الشكاوي المقدمة ضده. فمنعًا للمشاكل قبل الرسامة واشترك في سيامته في 26 فبراير 398م.