رغم أن أعداد الزواحف قليلة، وتوزيعها عشوائي غير منتظم، إلا أن الصحراء تضم مجموعة مذهلة من الزواحف، معظمها صغير الحجم، ومن أكلة اللحوم. كما تضم نوعًا واحدًا من الزواحف آكلة الأعشاب هي السحلية المسماة "يوروماستيكس" (Uromastyx)، وهى سحلية ذات ذيل شوكي.
ولأن الزواحف ليس لغالبيتها جهاز ينظم حرارة أجسامها، فهي محدودة النشاط. إذ تقضى النهار القائظ، وأطراف الليل قارصة البرد، في أماكن تحت الأرض حيث يكون الفارق في درجات الحرارة في هذه الجحور - بين النهار والليل- بسيطًا ومحتملًا.
ولا تحتاج بعض ثعابين الصحراء إلى شرب المياه لأنها تستخلص احتياجاتها من الماء من فرائسها . وتعيش "أصلة الرمال العاصرة " (البواء الصحراوية) في الصحراء الرملية، ولها طريقة خاصة في الزحف على الرمال تشبة "السباحة" تستطيع بها أن تدفن نفسها في الرمال عند الحاجة .
وهناك أربعة أنواع على الأقل من الأفاعي السامة واسعة الانتشار، وتضم نوعين من الأفاعي شديدة السمية والقاتلة. وجميع الثعابين قادرة على التكيف مع الحياة في الصحراء، وهى تتحرك في خطوط ثعبانية ملتوية فوق الرمال الناعمة. وتعيش معظم الثعابين على أنواع مختلفة من الفرائس، ولكن يبدو أنها تعتمد إلى حد كبير على افتراس الجريح والمستضعف من صغار الطيور المهاجرة المتجهة شمالًا بين شهري فبراير ومايو، أو المتجهة جنوبًا في أواخر الصيف والخريف.
و تخلط بعض زواحف الصحراء إلى فترة "كمون" أو "بيات صيفي"، وذلك في أشد الفترات حرارة. ويمكن للعديد من أنواع الثعابين أن يحيى بدون طعام لعدة أشهر.