تتكاثر السناجب الطائرة في موسمين منفصلين ، الموسم الأول من شهر مارس وحتى شهر يوليو ، والموسم الثاني من شهر أغسطس وحتى سبتمبر ، وعند السؤال عن كيف يتكاثر السنجاب فتستمر فترة حمل السنجاب الطائر من 37 إلى 42 يوم ، وتلد أنثى السنجاب من اثنان إلى خمس جراء ، وبعد عملية الولادة ، تبقى الصغار مع أمهاتهم حتى سن الشهرين ، ويصبح السنجاب الطائر ناضج جنسيًا بداية من عمر 6 إلى 12 شهر