فرس النهر متعدد الزوجات، ويتزاوج ثور واحد مع أبقار متعددة في مجموعته الإقليمية الإجتماعية، وتتزاوج إناث فرس النهر عادة مرة كل عامين، ويتزاوج الثور مع أي من الأبقار التي تعيش في حالة شبق، وعلى الرغم من إمكانية حدوث التزاوج على مدار العام، إلا أن الحمل يحدث فقط من فبراير إلى أغسطس، وتستمر فترة الحمل قرابة عام.
وتجرى الولادة بين أكتوبر وأبريل، ويلد فرس النهر الأنثى عجلا واحدا فقط في كل مرة، وتزن العجول من 50 إلى 120 رطلا عند الولادة وتتكيف مع الرضاعة تحت الماء، ويبقى صغار فرس النهر مع أمهاتهم ويعتمدون على حليب الأم لمدة عام تقريبا (324 يوما)، وتبقى الصغار من الإناث في مجموعة أمهاتهم، بينما يغادر الذكور بعد أن يكبروا جنسيا بعد حوالي ثلاث سنوات ونصف.