تمساح النيل موطنه الأصلي إفريقي، ويعيش تمساح النيل في مستنقعات المياه العذبة والمستنقعات والبحيرات والجداول والأنهار في أفريقيا جنوب الصحراء الكبرى وحوض النيل ومدغشقر، وهو من الأنواع الغازية في ولاية فلوريدا، ولكن من غير المعروف ما إذا كان السكان من التماسيح النيلية يتكاثرون، وعلى الرغم من أنه من الأنواع التي تعيش في المياه العذبة، إلا أن تمساح النيل يحتوي على غدد ملحية وفي بعض الأحيان يدخل في المياه المالحة والمياه البحرية.