يتغذى الحوت الأزرق على القشريات الصغيرة، ومجدافية الأرجل وهي عبارة عن قشريات صغيرة موجودة في الماء، ويصل معدل الطعام في اليوم الواحد إلى 40 طن في اليوم، وذلك لأنه يحتاج إلى معدل 1،5 مليار سعر حراري.
تختلف شهية الحيتان من حوت إلى آخر، ومن وقت إلى آخر، لكن من أكثر الأوقات التي يتناول فيها الحوت الطعام بشراهة عندما تكون المياه غنية بالإيفوزيات.