حريق القاهرة رد الفعل على الكنسية ونشاطها
كانت هذه الاضطهادات التي شنها المماليك على الأقباط تحول دون سيامة الرعاة، كما أن تحول الكثيرين من المسيحيين إلى الإسلام أدى إلى قلة دَخْل الكنائس وفقر الرعاة، كما حال دون شغل منصب البطريركية مما أدى إلى اضطراب كثير من الأهالي الأقباط في حياتهم الدينية، وقد تسبب ذلك في دفن كثير من الموتى دون الصلاة عليهم، وتكفين أجسادهم في الحصر لعدم وجود أكفان تكفي أو الفقر الشديد لشراء الأكفان، كما أدت هذه إلى زواج كثيرين دون طقس الإكليل.
وإذا سيم كاهنًا فإنه كان يُسام كاهنًا دون كفاءة، وبدون علم بأصول تعاليم المسيحية أو تفسير للإنجيل أو دون تعليم على الإطلاق فقلت العناية الروحية بالشعب المسيحي.
كما أن ما تعرضت له الأديرة من هدم وتخريب أدى إلى تبديد الثروة، وإذا كان قد بقى فيها عدد من الرهبان فقد عمدوا إلى إخفاء ما تبقى، ولكن إذا ماتوا لا يعرف أحد أين خبئوها، فانحط المستوى اجتماعيًا واقتصاديًا وروحيًا.
كما تدخل السلاطين في كثير من الأحيان في انتخاب الأساقفة وحالوا دون إقامتهم؛ كما فعل الظاهر بيبرس حين امتنع عن الموافقة على انتخاب مطران للحبشة مما أدى إلى لجوء الإمبراطور الحبشي إلى بطريرك السريان كي يرسل إليه مطرانًا للحبشة لرعاية الشعب وتوجيهه.