الطرد الأول:
لم يمكث جون مع صديقه وليم أكثر من أربعة أشهر في جنيف، وخلال هذه الفترة دار صراع بين وليم وجون من ناحية وجماعة المنشقين عن الكاثوليكية من ناحية أخرى.. وبانتهاء هذه الفترة القصيرة كان قد تم طرد جون ووليم من جنيف..
جون المتخفي:
ظل جون كلفن هاربًا.. وفي هروبه استخدم أسماء مستعارة ليخفي شخصيته، فاستخدم اسم "تشارلس دي اسبريل"، "ماركيانوس لوكانيوس".. ورغم محاولات تخفيه وهروبه إلا أنه سقط في أيدي الشرطة التي كانت تطارده عدة مرات، وقضى بعض الفترات في السجن..