تم الاتفاق عليه واختياره بسرعة بعد فترة لا تزيد على تسعة أشهر على انتقال البابا يوأنس الرابع عشر، وهو الراهب "شنودة" من دير الأنبا بيشوي، وتمّت مراسيم سيامته للكرامة البابوية في كنيسة القديس مرقوريوس بمصر القديمة يوم عيد الملاك غبريال، باسم البابا غبريال السابع في 16 بؤونة سنة 1306ش و1590 م. في أيام السلطان العثماني مراد الثالث. وقد كان أكبر الأساقفة سنًا هو الأنبا زخارياس أسقف القدس الذي ترأس حفل السيامة. لما كانت الكنيسة في يد حاميها وراعيها الذي لا يغفل ولا ينام، فقد دافع عنها إلهها وفاديها ضد قوى الغدر والبطش والإرهاب. ففي الوقت الذي فيه تزايد الضغط على القبط لدفع الجزية والتشدد في جمع أضعافها، انتشر الطاعون مرة أخرى في العباد والبلاد - دون الأقباط - بل وتزلزلت الأرض من تحت أقدام الولاة وانهارت المنازل وتشقق جبل المقطم، وحلت بمصر الكوارث من كل ناحية، والكنيسة في يد ربانها تمخر وسط بحر العالم الهائج في اطمئنان وسلام. لأول مرة أيضًا نسمع عن "عادة التدخين" وانتشارها في مصر في تلك الفترة. وقد حاول البابا الروماني مرة ثانية إخضاع الكنيسة القبطية لسلطانه، ولكن البابا الساهر أنهى مباحثات مبعوثي البابا بالتمنيات الطيبة للحبر الروماني قائلًا: "وعندما نحس أن رب الكنيسة قد تخلّى عنها، سنلجأ إلى البابا الروماني لكي لا يتخلى عنها". بل وامتدت أنظار البابا السكندري لحماية الكنيسة في أثيوبيا فحذر - في رسالة أبوية - الملك والإكليروس في أثيوبيا من الانحراف عن الإيمان المستقيم الذي دفع ثمنه الرسل والشهداء وآباء الكنيسة الكبار، وفشلت جهود روما في تحويل أثيوبيا أيضًا مما دعا البابا الروماني إلى عدم السير في خطة أسلافه. قد قام الوالي بعزل البابا مدة من الزمن، ثم أُعيد إلى كرسيه في أيام السلطان مراد الثالث العثماني. وفي سنة 1602 م. أصدر البابا غبريال قرارًا بتعديل الأصوام في الكنيسة القبطية كما يأتي:
1. أن يكون صوم الرسل من يوم عيد العذراء 21 بؤونه وفطره في 5 أبيب. 2. أن يكون صوم السيدة العذراء الذي يحل في شهر مسرى اختياريًا، فمن صامه وفاءً لنذر قطعه على نفسه فله ثوابه ومن لم يصمه فلا جناح عليه. 3. أن يبدأ صوم الميلاد من أول شهر كيهك ويكون فطره عيد الميلاد. 4. أن لا تصام ثلاثة أيام نينوى.
وقد وافقت عليه الأمة القبطية وقتئذ. وأخيرًا تنيّح في سنة 1603 م.، ودفن بمقبرة دير السريان، وذلك في أيام السلطان العثماني أحمد الثاني.