قداسة البابا مرقس الثالث ابن زرعه البابا الثالث والسبعين
صلاح الدين من مخطوط من القرن الخامس عشر
اُختير للبطريركية سنة 1166 م. بعد نياحة البابا يوحنا الخامس، في وقت زادت فيه اضطراب الأحوال الداخلية والخارجية للبلاد. كان تاجرًا شماسًا بتولًا ناسكًا يسمى "مرقس أبي الفرج بن أبي السعد" وهو معروف بابن زرعه، سرياني الجنس قبطي المذهب، وتمت مراسم السيامة في الإسكندرية كالعادة. ضيق شديد:
لأن هذا البابا يعيش مشاعر الناس ويشاركهم أفراحهم وأحزانهم، نزل إلى سائر أنحاء البلاد يعزي القلوب ويضمد الجراح ويشدد من أزر ضعاف النفوس والقلوب خصوصًا بعد أن لمس الضيق الشديد الذي حل بالقبط من جراء تشدد أسد الدين شركوه ووزيره بهاء الدين قراقوش الذين قتلوا ونهبوا الأموال واغتصبوا النساء بالإضافة إلى السياسة البغيضة للقبط. فما كان من البطريرك إلا أن التجأ إلى الصوم والصلاة فنظر الله إلى دموعه ومات شيركوه فجأة. في عصر الأيوبيين:
تولى صلاح الدين الأيوبي وبدأ عصر جديد في الدولة والموقف من القبط. فانتقل الحكم إلى الأيوبيين وبدأ عهد من الاستقرار والعدالة، وأحس المصريون جميعًا بالعدالة والسماحة والكرم، بل وأكثر من هذا أمر ببناء ما تهدم من الكنائس واختار من كبار رجال الدولة الشيخ الرئيس صفي الدين بن أبي المعالي. وكان من مظاهر الاستقرار أيضًا بناء القلعة التي بناها صلاح الدين على الطراز البيزنطي إذ أعجبه نظام بناء الكنائس القبطية على هذا النسق والنظام، وأشرف على بنائها مهندسان قبطيان هما أبو منصور وأبو مشكور، وحال الانتهاء من بنائها نقل إليها مقر الحكم فصارت مركزًا للحكم لمدة 666 سنة أي حتى 1874 م. في عصر الخديوي إسماعيل الذي بنى قصر عابدين ونقل إليه مقر الحكم.انتشبت في عهده الحروب الصليبية واشتد الخلاف بينه وبين مرقس بن قنبر المبتدع. وبدت نهاية أيام البابا مرقس الثالث هادئة بدرجة ملحوظة رغم أن بداية أيامه كانت صعبة، ورحل ذلك الرجل البار سنة 1189 م.