يقول يوحنا أن نيقوديموس جاء لكي يتحدث مع المسيح ليلاً. ويعتقد الكثيرين أن نيقوديموس كان خائفاً أو خجلاً من زيارة المسيح في وضح النهار، لهذا جاء في زيارة ليلية. ولكن يوجد عدد من الأسباب الأخرى المحتملة. طرح نيقوديموس أسئلة على المسيح. وكعضو في المجلس اليهودي الحاكم، ربما كانت مسئوليته التحري عن أي معلمين أو شخصيات عامة يضللون الشعب.
وفي هذا الحوار، واجه المسيح نيقوديموس فوراً بحقيقة أنه "يجب أن يولد ثانية" (يوحنا 3: 3). وعندما بدا نيقوديموس متشككاً، ذكَّره المسيح (بلطف ربما) بأنه من المفترض أن يعرف هذا الأمر بإعتباره قائداً لليهود (يوحنا 3: 10). ثم فسَّر له المسيح معنى الولادة الجديدة، وفي هذا السياق نجد الآية الواردة في يوحنا 3: 16 التي ربما تكون أشهر الآيات الكتابية وأكثرها تفضيلاً.