تم العثور على حوالي 2500 نوع من الأسماك داخل نظام نهر الأمازون، ولكن لا يزال العديد من الأنواع غير معروفة ولم تكتشف حتى الآن، ومن بين الأنواع التجارية الأكثر أهمية هي أسماك البيراروكو واحدة من أكبر أسماك المياه العذبة في العالم، والعديد من أنواع سمك السلور العملاق، وأسماك البيرانا التي عادة ما تتغذى على لحوم الأسماك الأخرى ولكنها قد تهاجم أي حيوان أو إنسان يدخل الماء، وتشتمل الحيوانات الأخرى داخل نهر الأمازون، تماسيح الكايمان والسلاحف النهرية والدلافين النهرية وخراف البحر، وثعابين الأناكوندا الضخمة، ونهر الأمازون هو أيضا موطن لحيوان الكابيبارا شبه المائي أكبر القوارض في العالم وحيوان الكيب أحد أنواع القوارض .