يحتوي الفأر الخشبي على نظام غذائي متنوع آكل اللحوم، حيث يأكل المكسرات، والتوت، والبذور، والجوز، والزعرور، والبذور، والفطريات، والعناكب، وكذلك الحشرات الصغيرة واليرقات وسوف يأكلون أيضًا اللافقاريات والديدان والجيف (جيف الحيوانات النافقة) وغيرها من الأطعمة المماثلة ويتم تخزين الطعام في جحور تحت الأرض أو في بعض الأحيان في أعشاش الطيور المهجورة.