يرجع انقراض الحيوانات إلى عدة أسباب مختلفة منها تسببه الطبيعة والأخرى يسببها الإنسان، ومن أهم أسباب الإنقراض: [1]
ضرب الكويكبات: يمكن أن يؤثر ضرب الأرض بالكويكبات إلى موت عدد من الحيوانات كما حدث في شبه جزيرة يوكاتان عند اصطدام النيزك بالأرض مما تسبب في انقراض الديناصورات منذ 65 مليون سنة.
تغير المناخ: يشكل تغير المناخ خطرًا دائمًا على الحيوانات، وذلك مثال على انقراض حيوانات الماموث خلال العصر الجليدي الأخير منذ حوالي 11000 عام عندما أصبحت غير قادرة على التكيف مع درجات الحرارة المرتفعة بسرعة.
انتشار المرض: يمكن أن يؤدي انتشار الأمراض إلى إنهاء نوع معين من الحيوانات حتى الانقراض مثل انتشار الفيروسات والعدوى والبكتيريا.
فقدان الموائل: يلزم معظم الحيوانات قدرًا معينًا من الأراضي التي تلزمها في الصيد والتكاثر والإعتناء بصغارها لذلك عند فقدان بيئتها وموطنها يمكن أن يؤدي لتضاؤل أعدادها حتى الإنقراض.
نقص التنوع الجيني: بمجرد أن تبدأ أنواع الحيوانات في تضاؤل أعدادها سيؤثر ذلك على نقص التنوع الجيني منا يؤدي إلى اللجوء لزواج العائلة فيما بينها “زواج الأقارب” والذي يقوم بدوره في ظهور أمراض وراثية قاتلة.
التكيف مع البيئة : يؤدي عدم تكيف أنواع معينة من الحيوانات مع بيئتها إلى قلة أعدادها حتى تصل لموت آخر فرد في هذا النوع متسببة في انقراضها.
نقص الموارد والمجاعات: تعد المجاعات الجماعية الطريق السريع المؤكد للإنقراض خاصًة وأن الحيوانات الذين يعانون من الجوع يكونون أكثر عرضة للأمراض والإفتراس.
انتشار التلوث : يؤثر التلوث بصورة واضحة على حياة الكائنات الحية، على سبيل المثال تتأثر الأسماك والشعاب المرجانية وغيرها من الكائنات شديدة الحساسية بالمواد الكيميائية السامة الموجودة البحار والمحيطات والأنهار بالإضافة إلى التغيرات في مستويات الأكسجين الناتجة عن التلوث الصناعي والتي تقوم بدورها بتعرض الحيوانات للإختناق.
الصيد الجائر: يعتبر الصيد الجائر واحد من أهم وأبرز أسباب انقراض الحيوانات، حيث ازدادت نسبته بشكل كبير جدًا خلال السنوات الأخيرة وذلك من خلال صيد الإنسان لأنواع معينة بشكل كبير مما يؤدي لنقص أعدادها وتهديدها بخطر الإنقراض.