وكانت للبابا كيرلس السادس علاقة صداقة قوية جمعته مع الرئيس جمال عبد الناصر، وتشهد عليها الصور المنتشرة بأرجاء المزار الخاص بالبطريرك الموجود بدير الشهيد مارمينا بكينج مريوط، وهذه الصور تسلط الضوء على لقاءات عديدة جمعتهم في الكثير من المناسبات، كما تخطت مواقفهما حدود التعاملات الرسمية بين رئيس دولة وبطريرك الكنيسة إلى الصداقة.
وكان جمال عبد الناصر له ابنة مريضة أحضر لها كبار الأطباء فقرروا أن مرضها ليس عضويًا، فدخل البابا مباشرة علي حجرة ابنة جمال عبد الناصر المريضة وقال لها مبتسمًا: "إنت ولا عيانة ولا حاجة" واقترب منها وصلي لها ما يقرب من 15 دقيقة.
وتبرع أبناء عبد الناصر بمدخراتهم للبابا كيرلس لبناء الكاتدرائية الموجودة حاليًا فى العباسية.