توجد ساعةٌ رئيسيةٌ في الدماغ مسؤولة عن جميع الساعات البيولوجية في الكائن الحي وعن تزامنها وتوازنها وبالتالي للساعة البيولوجية تأثيرٌ على صحة الجسم بأكمله وعلى القيام بوظائفه بشكلٍ سليمٍ، حيث تؤثر إيقاعات الساعة البيولوجية على دورات النوم والاستيقاظ وإفراز الهرمونات وعادات الأكل والهضم ودرجة حرارة الجسم وغيرها من الوظائف الجسدية المهمة.
كما أن الساعة البيولوجية التي تعمل بسرعةٍ أو ببطءٍ قد تؤدي إلى إيقاعاتٍ غير الطبيعية. وقد تم ربط الإيقاعات غير المنتظمة بمختلف الظروف الصحيّة المزمنة مثل اضطرابات النوم والسمنة ومرض السكري والاكتئاب والاضطراب ثنائي القطب والاضطراب العاطفي وغيرها من الأمراض.