الكنيسة لم يكن بمركز إطسا كنيسة واحدة تخدم شعب المركز قبل سنة 1982م تم وضع حجر الأساس لكنيسة الأنبا أنطونيوس بيد صاحب القداسة البابا الأنبا شنودة الثالث والدكتور حمدى الحكيم محافظ الفيوم وفى عهد صاحب النيافة الحبر الجليل المتنيح الأنبا أبرآم أسقف الفيوم وذلك يوم الأثنين15/1/1979 تم سيامة الشماس منير زكى خليل أول كاهن للكنيسة وكل مركز إطسا باسم القس أرسانيوس يوم الجمعة 12 نوفمبر1982م بيد نيافة الأنبا أبرآم المتنيح قام بتدشين الكنيسة نيافة الأنبا أبرام المتنيح وقد دشن المذبح الأوسط باسم القديس العظيم الأنبا أنطونيوس والأنبا بولا والمذبح البحرى باسم رئيس الملائكة ميخائيل وذلك حسب توجيهات صاحب القداسة البابا المعظم الأنبا شنودة الثالث فى 22 نوفبر1982م. وفى 3/11/1983م قام صاحب النيافة الأنبا أبرآم الثانى بإقامة القداس الإلهى وتدشين معمودية الكنيسة .وفى يوم الجمعة21/3/1986م شرف الكنيسة نيافة الحبر الجليل الأنبا أبرام الحالى أسقف الفيوم وأس صلاة القداس الإلهى وتم ترقية القس أرسانيوس إلى رتبة القمصية. تم استكمال بناء الخورس الثالث والمنارات والطابق العلوى سنة 1988م كما تم هدم سور الكنيسة القديم وبناء سور جديد فى جميع الاتجاهات فى عهد صاحب النيافة الحبر الجليل الأنبا أبرآم الحالى أطال الله حياته. تم هدم جميع مرافق الكنيسة وإعادة البناء وهى عبارة عن دورات مياه وعدد 2 استراحة للأباء الكهنة وحجرة مكتب ومضيفة كبيرة داخلها مطبخ سنة2000م فى عهد صاحب النيافة الأنبا أبرآم الحالى
