حدثت حالة من الجدل بالمجتمع المصري بعام 1968، عند ظهور أنباء عن ظهور السيدة العذراء مريم بكنيستها بمنطقة الزيتون، إلا أنه لم يصدر أي بيان رسمي من الكنيسة حتى يتم التأكد من الظهورات، وشكلت عدة لجان للتأكد من الحدث من خلال إرسال عدد من الأساقفة ليشهدوا الحدث، من بينهم الأنبا غريغوريوس، وسماع روايات وشهادات الجيران المقربين من الكنيسة، وأول من شاهدوا ظهورات السيدة العذراء مريم هناك كانوا المسلمين بالمنطقة المجاورة، حتى أصدرت الكنيسة بياناً رسمياً بالاعتراف بـ ظهورات السيدة العذراء، ومنحت للكنيسة منطقة الجراج للتوسع بالكنيسة، وكان هذا الاعتراف الرسمي في يوم 2 أبريل بعام 1968م.