يُدعى الراهب يوأنس النقادي، وقُدِّم بطريركًا في 28 سبتمبر سنة 1320 م. وفي أول عهد رئاسته جرت على النصارى شدائد كثيرة فقُتِل منهم من قُتِل وحُرِق من حُرِق وأسلم منهم الكثيرون وأشهروهم على الجمال وألبسوهم العمائم الزرقاء وهدموا الكنائس ونهبوها. قد أجمع المقريزي هذه الحوادث في جملة واحدة حيث قال: "في يوم الجمعة 19 من ربيع الآخر سنة 721هـ هُدَّمت كنائس مصر في ساعة واحدة". بالإضافة إلى الهجوم على الكنائس في الوجهين القبلي والبحري، حدث حريق كبير في القاهرة بدأ من القلعة، فانزعج أهل القلعة وأهل القاهرة وحسبوا أن القلعة جميعها قد أُحرِقت. اُتهم بعض الرهبان باشعال النار فثار المسلمون طالبين إبادة المسيحيين. استدعى القاضى البابا ليلًا واستفسر منه عن الحريق وأدرك بطلان الاتهام، فأعاده مع الحرس ليلًا بكل إكرام. لكن سرعان ما اجتمع الغوغاء وملأوا الشوارع وكادوا أن يقتلوه في الطريق، لولا تدخل الجنود.وأخيرًا بعد أن ذاق البابا يوأنس من هذه الشدائد والكروب تنيّح في 29 مارس سنة 1327 م.، ودٌفِن في دير النسطور في أيام السلطان محمد بن قلاوون.